Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио снова оказывается втянут в опасные события. На этот раз ему противостоит неожиданный союз — коварные Варио объединились с Боузером-младшим. Их цель проста и пугающа: подчинить себе весь мир. Марио не может остаться в стороне. Вместе с верными друзьями и неунывающим Йоши он готов дать отпор. Их задача — сорвать опасные замыслы врагов, пока не стало слишком поздно.